Die Sammlung Graphik der Gegenwart umfaßt rund 1.500 Arbeiten auf Papier vom beginnenden 20. Jahrhundert bis heute. Die Sammlung enthält Werke renommierter Künstler wie Jakob Demus, Gerhard Fietz, Ernst Fuchs, Olaf Gulbransson, Alfred Hrdlicka, Horst Janssen, Pablo Picasso, A. Paul Weber oder Terry Winters.

Besonderes Gewicht wird auf Arbeiten fränkischer Künstler gelegt, darunter Mappenwerke und größere Konvolute von G. Hubert Neidhart, Rainer Pöhlitz, Robert Reiter, Eschrat Tellert oder Peter Wörfel und Einzelblätter von Wolfgang Bäumer, Hubertus Hess, Michael Huth, Michael Mathias Prechtl, Siegfried Rischar und zahlreichen Künstlern aus Schweinfurt und Umgebung. Viele der Arbeiten sind Dr. Otto oder Otto G. Schäfer persönlich gewidmet. Vertreten sind aber auch Werke von Künstlern, die im Museum Otto Schäfer ausgestellt haben, u.a. Ralf Bergner, Felix M. Furtwängler, Christian Mischke, Gert Zeising oder Herwig Zens. In den letzten Jahren konnte das Spektrum der Sammlung durch großzügige Zustiftungen ergänzt werden, etwa mit Arbeiten von Ludwig Gebhard, Siegmund Hahn oder Andreas Köchler.